Desvantagens:
Como em qualquer cirurgia no grande obeso, diversos problemas clínicos, não relacionados diretamente com o procedimento, podem ocorrer e contribuir para aumentar os riscos gerais. Grande parte dos problemas aqui descritos não foram, e provavelmente não serão, vistos por uma única equipe cirúrgica ao longo de toda uma vida na cirurgia, porém como parte de um manual onde todas as possibilidades são enumeradas, aparecerão na lista de riscos. Na verdade é como se, antes de entrássemos em um avião, perguntássemos ao piloto tudo de errado que poderia acontecer com o vôo.

Por causa do desvio duodenal, existe uma diminuição na absorção de ferro, cálcio e algumas vitaminas, o que pode ser mais importante para as mulheres que apresentam fluxos menstruais muito intensos) ou nas menopausadas que já apresentam osteoporose. Este fator pode ser eliminado ou minimizado através de uma dieta bem equilibrada e suplementação de ferro e vitaminas. A parte excluída do aparelho digestivo não pode mais ser avaliada através de exames comuns como endoscopia e radiografias, podendo retardar o diagnóstico de alguma doença que por ventura ocorra nesta parte. Podem correr problemas cardíacos, (infarto, arritmia, parada cardíaca); respiratórios (embolia pulmonar, atelectasia, pneumotórax, pneumonia, edema pulmonar, derrame pleural); renais (infecção urinária, insuficiência renal, retenção urinária); neurológicos (derrame, distúrbios do comportamento, depressão, problemas nos nervos periféricos por carências vitamínicas, etc). Pode ocorrer infecção no cateter, ferida cirúrgica, cavidade abdominal ou qualquer outro sistema orgânico. Podem ocorrer efeitos colaterais das drogas utilizadas, alergias ou reações adversas.

Dentre os problemas mais graves destacam-se a trombose venosa com embolia pulmonar (coágulos nos vasos do pulmão) que são complicações absolutamente inespecíficas (podem acontecer em qualquer cirurgia). No Centro de Cirurgia da Obesidade são adotadas medidas para prevenção da trombose venosa e embolia pulmonar. Em todos os casos são prescritas medicações anticoagulantes (enoxaparina/heparina), meias de compressão gradual anti-embolismo e sistemas de compressão pneumática seqüencial intermitente de membros inferiores, além de estimularmos a deambulação precoce com fisioterapia. As fístulas ou vazamentos das anastomoses (emendas do aparelho digestivo - estômago, intestino) ou da linha de fechamento do estômago representam também graves riscos que, embora infrequentes podem ocorrer. No CCO adotamos medidas preventivas e terapêuticas que visam reduzir esses riscos e minimizar sua gravidade quando ocorram, através de cuidados técnicos na realização das suturas, proteção das linhas de grampo, reforço das suturas com cola de fibrina (Beriplast ®), e drenos. Todas as junções são ainda testadas para vazamentos de ar e líquido. Todavia, independentemente dos cuidados médicos e da boa técnica cirúrgica, complicações podem ocorrer podendo levar a internamentos prolongados, re-operações, e até óbito.